Les 2^e et 3^e années constituent le 2^ème cycle et comportent un total de 12 modules

L'enseignement s’oriente vers l’étude des pathologies et de leur rééducation.

1.  Masso-kinésithérapie
2.  Psychosociologie, réadaptation
3.  Traumatologie et orthopédie
4.  Neurologie
5.  Rhumatologie
6.  Pathologie cardio-vasculaire
7.  Pathologie respiratoire
8.  Kinésithérapie en médecine, gériatrie et chirurgie
9.  Pathologie infantile
10.  Prévention, promotion de la santé, ergonomie
11.  Kinésithérapie et sports
12.  Législation, déontologie, gestion

Les cours et travaux pratiques dispensés à l’institut sont complétés par des stages répartis sur la deuxième et la troisième année.

L'institut dispose d'environ 80 terrains de stages situés sur l'ensemble du territoire. Ces établissements offrent en général une possibilité de loger les stagiaires.

Pour accéder à la troisième année d'études, les étudiants doivent avoir validé chacun des modules ou partie de modules à la fin de la deuxième année ainsi que les stages accomplis pendant l'année scolaire.

A la fin du deuxième cycle, les étudiants sont tenus de rédiger un travail écrit.

L'examen en vue de l'obtention du Diplôme d'État comporte :

- la soutenance du travail écrit : sur 60
- la moyenne des notes obtenues au 2ème cycle : sur 60

Pour l’obtention du Diplôme d’État, le candidat doit obtenir un total au moins égal à 60/120, sans toutefois être éliminé par une note inférieure à 21/60 à la soutenance du travail écrit.

Ces épreuves se déroulent en deux sessions : en juin et en septembre.

En cas d’échec à la première session le candidat peut se présenter à la deuxième session.

Après trois années d'études. le Diplôme d'État permet l'exercice libéral ou hospitalier de la profession.

A titre libéral : il existe des possibilités d'installation ou d'association

A titre salarié : les diplômés n'ont aucune difficulté de placement (dans le secteur public hospitalier, dans le secteur privé / centre de rééducation)

Certains kinésithérapeutes associent deux modes d'activité en étant salariés dans les hôpitaux et exerçant en libéral.

Comme dans toutes les  professions techniques, la formation continue fait partie intégrante de la vie du praticien. 

L'évolution professionnelle ne s'arrête pas obligatoirement à la 3^ème année ; il est possible par l'obtention du Certificat de Cadre de Santé  de s'orienter vers l'enseignement ou l'encadrement d'une équipe de kinésithérapeutes.